工藤新一是帝丹高中的一位学生，和毛利兰是青梅竹马。他也叫做“现代的福尔摩斯''。但是， 他和小兰在游乐园玩乐时，目击了黑衣男子的交易，被打晕后吞下了APTX4809的药。等他醒来后， 他已变成了小学生的模样。这时候，他便隐瞒了自己的身份，把自己取名为江户川柯南， 寄住在小兰家。博士也为他发明了许多东西，让他能帮迷糊的毛利小屋郎揭开案件。他还去上小学，认识了步美，光彦，和鸿太，组成了"少年侦探队”。柯南也在电话里面，用蝴蝶结变声器，模仿新一的声音， 对小兰说有案件要处理，不能回来。就这样，一连串奇妙由搞笑的事件便一一发生了，当然还有爱情的。新一就以柯南的身份，在小兰的家，探索黑衣组织的讯息。除了博士知道新一的身份，还有西部高中名侦探服部平次，他爸爸和妈妈，工藤优作及工藤有希子，以及他的同学，灰原衰。灰原的本名是宫本志美，他本来也是黑衣组织的成员。但是，自从她姐姐被老大杀死后，就想逃离组织。他和新一吃下同样的药，便缩小了。工藤新一就这样，帮助毛利小五郎破案，呆在小兰身边，保护她。
